Javier Yubero despuntaba en la cantera de la Real Sociedad mientras un gran mito, Luis Miguel Arconada, daba sus últimos años de gloriosos servicios en las porterías de Atocha. Del gran ídolo, Yubero heredó la costumbre de usar medias blancas y el estigma de la comparación, algo que tal vez su juventud no supo metabolizar truncando su prometedora carrera.
La sombra de Arconada, uno de los destacados en el glorioso santoral de porteros vascos, ha sido alargada sobre la portería txuriurdin durante muchos años desde su retirada en 1989. Tras él llegó González, su suplente en las últimas campañas, que fue tres años titular en el marco de Atocha sin superar la comparación con su predecesor. En el año 92 decidió buscar nuevos horizontes en el Valencia, donde acabaría siendo protagonista del famoso penalti de Djukic que dejó al Deportivo sin la Liga 93-94.
Ante la salida de González, Toshack apostó por nuestro joven protagonista, que con solo 20 años y sin experiencia en Primera División emergió como apuesta de futuro. A pesar de ser un portero de buenas cualidades físicas, buena talla y agilidad bajo palos, en su temporada de debut en el fútbol de primer nivel presentó preocupantes problemas en las salidas por alto y en la colocación.
Lo que al principio se entendían como fallos típicos de un novato fueron convirtiéndose en motivo de mofa, empezando a ser algo recurrente entre los aficionados de aquella época comentar las cantadas de Yubero. Algo duro de digerir para un joven futbolista que, además, contaba con un carácter tímido e introvertido.
Míticos porteros como Esnaola o el propio Arconada, así como sus compañeros, hicieron fuerza para que Yubero continuara siendo portero de la Real durante el resto de la temporada. Quien sabe si queriendo ayudarle no terminaron de hundirle. La tensión que le generaba cada actuación le hacía jugar atenazado, perdiendo ya la titularidad en los cuatro últimos partidos de la temporada a manos de otro canterano, tres años mayor que él, que acabaría asentándose en el puesto durante 13 temporadas: Alberto.
Con el fin de temporada y la ilusión rota al perder la oportunidad de cumplir su meta, Javier Yubero inició una peregrinación por diferentes equipos que nunca más le llevó a Primera.

Recaló en el Betis, de Segunda División, donde solo estuvo una temporada pero consiguió el ascenso a Primera. Su siguiente destino fue Mérida, estuvo el mismo tiempo y con el mismo resultado: solo un año de estancia pero logrando el ascenso. Se asentó tres temporadas en el Eibar, para militar un año, la temporada 98/99, en un Rayo Vallecano que también finalizaría ascendiendo a la máxima categoría.
Ese curioso paso por la Segunda categoría le deparó un nuevo claroscuro en su carrera, ya que consiguió tres ascensos con tres equipos diferentes siendo calificado por algunos de talismán… pero no tuvo la oportunidad de formar parte de la plantilla de Primera División en ninguno de los tres casos.
Su trasiego por equipos y lugares de España prosiguió en Segunda División B. Paseó su carácter melancólico por Amurrio, Zamora y Lanzarote, hasta recalar en 2003 en Torredonjimeno.
Unas molestias en el costado le pusieron alerta nada más arrancar la temporada 2003-2004 con la escuadra jienense. Lo que en principio parecían piedras en la vesícula resultó ser un cáncer de hígado y páncreas que le retiró definitivamente del fútbol con solo 31 años.
Dos años después de serle diagnosticado, el 22 de septiembre de 2005, el cáncer acababa con la vida de Yubero. Pocos días después, el 3 de Octubre, el encuentro de Liga entre sus dos primeros equipos, Real Sociedad y Betis en Anoeta, sirvió como homenaje para un hombre que llegó a tocar sus sueños, hasta que se le convirtieron en pesadilla.